La història de la nostra escola està estretament lligada a la de la barriada de Crist Rei.

Des que al començament del segle XX es construí a Inca el quarter del General Luque (1909-1915), anà creixent al seu voltant i més enllà de la via del tren una barriada, a la qual ja el rector Rayó volgué dotar d'església i per això hi comprà un trast. El seu successor, l'ecònom Francisco Garau, hi bastí una capella i n'encarregà la cura a les germanes de la Caritat.

El 14 d'agost de 1947 començà a funcionar el parvulari i el dispensari de Crist Rei. Des dels seus inicis, fou atès per dues religioses de la Caritat que diàriament es desplaçaven fins a Crist Rei, des del convent que les germanes tenien al carrer de Sant Francesc, dematí, horabaixa i nit.

El primer d'octubre de 1950 sor Magdalena del Crucificado Obrador arribà a la comunitat d'Inca per a fer-se càrrec de l'escola, encara no acabada, i que s'anava construint devora la futura parròquia de Crist Rei. Hi començaren les classes dia 2. Les germanes que feien escola a Crist Rei formaven part, llavors, de la comunitat d'Inca.

El 20 de setembre de 1951 ja s'estaven acabant les obres del col·legi de Crist Rei; per primera vegada, les germanes hi menjaren. El 20 d'abril de 1952 tota la comunitat d'Inca passà el dia al convent, ja anomenat així, de Crist Rei. El 24 de setembre hi arribà una nova mestra per al nou col·legi: sor Margarita Cánovas. L’ecònom Garau beneí el nou convent el 5 d'octubre.

Des de llavors residiren a Crist Rei tres germanes, si bé la superiora era la de la Caritat d'Inca. El 25 d'octubre de 1953 se celebrà per primera vegada amb solemnitat la festa de Crist Rei: hi assistiren moltes germanes del convent d'Inca.

El 1960 s'iniciaren les obres per a construir un convent per a la nova comunitat de religioses. El 12 de setembre de 1960, ja iniciades les obres de fonamentació del nou convent, arribà a Crist Rei sor Margarita del Pilar Bou. Fou la primera directora de la comunitat de la Caritat de Crist Rei, que en aquells moments comptava amb la directora i cinc religioses. El nou edifici es construí al carrer de Santiago Rusiñol, damunt un solar de 945 metres quadrats i 27 metres lineals de façana. Segons el projecte, l'edifici havia d'albergar un convent per a 12 monges, parvulari i set aules per a 280 alumnes. Inicialment, s'hi impartí parvulari mixt i ensenyament complet per a nines.

Amb decret del bisbe de la diòcesi de 5 d'octubre de 1960 restà erigida la casa de la Caritat de Crist Rei. En fou nomenada primera superiora sor Margarita Bou. Durant l'estiu de 1961 es construïren noves aules al col·legi, que foren beneïdes dia 14 d'octubre amb l'assistència de la mare general, sor Francisca Rotger. Per a sufragar les despeses, s'organitzà una col·lecta pel barri i la resta de la ciutat.

El 15 d'octubre de 1961 s'inauguraren les tres primeres aules. A l'acte, hi assistiren les primeres autoritats locals, Francisco Payeras Mulet -vicari general de la diòcesi- i la mare superiora general de les religioses de la Caritat.

El 20 de desembre de 1962 foren beneïdes les dependències del nou convent i les religioses passaren a residir-hi. El 27 de gener de 1963, el bisbe Jesús Enciso feu la primera visita pastoral a Crist Rei.

Obtengut el corresponent permís canònic, el 4 de febrer de 1963 a les 7:30 hores del dematí se celebrà per primera vegada l'eucaristia a l'oratori del convent de les religioses de la Caritat de Crist Rei. La celebrà Rafael Cladera -ecònom- i hi assistí la comunitat al complet: la superiora -sor Margarita del Pilar-, sor Antonia, sor Juana, sor María, sor Francisca i sor Francisca de la Santísima Trinidad. El servei de dispensari també passà al nou convent.

Cabdal dins la història del col·legi fou la figura de sor Francisca Vaquer Bujosa. Directora titular dels dos centres de les germanes de la Caritat a Inca, fou admirada i respectada per totes les persones que directament o indirectament estigueren relacionades amb la nostra comunitat educativa. Amb sor Francisca es produí la modernització i el bot qualitatiu de la nostra institució educativa. Morí a Inca el 9 de juny de 2020 als 86 anys i les seves darreres paraules foren: «Estam en ses bones mans de Déu.»

El 2000 la nostra escola es desvinculà a nivell organitzatiu i de gestió de l'altre col·legi de les germanes de la Caritat d'Inca, situat al nombre 2 del carrer de Sant Vicenç de Paül, i el 2009 canvià el seu nom (denominat fins aleshores Sant Vicenç de Paül II) pel de Beata Francinaina Cirer, qui ens motiva per a seguir donant el millor de tots nosaltres en benefici de l'educació del nostre alumnat.

El 26 d'abril de 2012 celebràrem el 50è aniversari de la nostra escola amb la descoberta d'una placa commemorativa i la inauguració de l'Alzinar Col·legi Beata Francinaina Cirer. Hi assistiren el batle, Rafel Torres, i diversos regidors de l'Ajuntament; la delegada d'Educació de les germanes de la Caritat, sor Margarita Moyá Pons; la directora titular de les escoles de la Caritat a Inca, sor Francisca Vaquer Bujosa; personal docent i no docent, alumnes i famílies de la nostra escola i veïnats de la barriada.

Des de gener de 2023 l'escola és gestionada per la Fundació Escola Catòlica de les Illes Balears (FECIB).